Vanim märge vaimuliku tegevuse kohta Nõval pärineb aastast 1653, mil see seni Lääne-Nigula kihelkonda kuulunud piirkond liideti Harju-Risti kihelkonna koosseisu. Sealt peale sai Nõva Püha Olevi kabelist Harju-Risti kiriku abikirik, kus Risti koguduse õpetaja käis kord kuus jutlust pidamas ja armulauda jagamas. Teistel pühapäevadel pidas jutlusi köster.
24. juulil 1919. aastal kinnitati Nõva kogudus iseseisva kogudusena, kuid kuni aastani 1989 oli sellel jätkuvalt Harju-Risti kogudusega ühine vaimulik.
Nõukogude okupatsiooniperioodil oli väikese maakoguduse jätkusuutlikkus kriitilisel piiril, kuid tänu Jumalale ja koguduse pühendunud töötegijaile jäi kirik avatuks ja tegutses ka kõige raskema poliitilise tagakiusamise aegadel.
14. juulil 1991. aastal sai Nõva kogudus endale esmakordselt oma vaimuliku – diakon Jaan Kähari.
Alates 1. oktoobrist 1992. aastal kuulub Nõva kogudus Lääne praostkonna koosseisu.
1995. aastal sõlmiti koguduse sõprussuhted Soome luterlike kogudustega Tarvasjoel ja Munsalas. Kontaktid sõpruskogudustega on regulaarsed. Igal aastal toimuvad ka kohtumised koguduste liikmete vahel.